СР/М имеет модульную архитектуру и состоит из трех основных подсистем: командного процессора ССР (Console Command Processor), базовой дисковой операционной системы BDOS (Basic Disc Operating System) и базовой системы ввода-вывода BIOS (Basic Input/Output System). ССР и BDOS представляют собой неизменные компоненты системы, BIOS содержит драйверы физических устройств и подлежит перекомпоновке при каждой перегенерации системы для новой конфигурации аппаратуры. Память, не занятая компонентами системы и таблицей векторов прерываний, называется ТРА (Transient Program Area — область пользовательских [дословно — преходящих] программ).
В 1981 г. фирма IBM анонсировала персональный компьютер IBM PC на основе 16-разрядного процессора i8088. Первоначально предполагалось, что в качестве ОС для этого компьютера будет использоваться СР/М, однако представителям IBM не удалось достичь приемлемых условий соглашения с Digital Research. Ни история, ни легенды не сообщают нам о том, что именно послужило причиной разногласий.
Легенды, однако, сохранили для нас немало подробностей (к сожалению, не очень достоверных) дальнейшего развития событий. Вместо того, чтобы пойти на компромисс с Г. Кидалом, CEO Digital Research, представитель IBM обратился к сыну одной из своих старых знакомых, Биллу Гейтсу. Билл Гейтс в это время занимался продажей собственного интерпретатора языка BASIC для любительских 8-разрядных микрокомпьютеров. Билл не имел ни опыта разработки ОС или ДОС, ни даже теоретической подготовки в этой области, поскольку был выгнан из колледжа. Однако IBM обещала щедрую предоплату и вообще довольно выгодные условия, поэтому Билл взялся за проект.

Примечание
Нужно отметить, что эта часть легенды несколько расходится с достоверными историческими сведениями. В описываемый период Microsoft занимался не только и даже не столько ВАЗЮ'ом, сколько собственной ОС, основанной на Unix v.6 - Microsoft Xenix. Эта система была реализована для нескольких микропроцессорных систем на 32-разрядных микропроцессорах, таких, как MC68000, NS32032 и даже 18086/8086.
По другой версии легенды, Билл Гейтс первоначально предложил Xenix, но представители IBM хотели что-нибудь похожее на СР/М.

Гейтс приобрел за 13 тысяч долларов лицензию на систему QDOS — клон СР/М, разработанный компанией Seattle Computer Products. По легенде, QDOS расшифровывается как Quick and Dirty Operating System - "Быстро [сделанная] и Грязная Операционная Система".
Фирма Microsoft переделала загрузчик и дисковую подсистему QDOS для работы с IBM PC и использования сервисов ПЗУ этого компьютера (эти сервисы также называются BIOS, хотя имеют довольно мало общего с BIOS СР/М), и предложила результат фирме IBM. Заказчики оказались довольны, и Билл быстро стал миллионером.
К версии 3.30 MS DOS (такое название получила новая система) уже накопила очень много отличий от оригинальной СР/М. В качестве файловой системы была использована изобретенная лично Б. Гейтсом для применения в интерпретаторе BASIC ФС FAT. Эта ФС была переделана так, чтобы в ней можно было создавать вложенные каталоги. Был добавлен новый формат загрузочного модуля — вдобавок к абсолютным загрузочным файлам формата СОМ (совместимых с СР/М]) были реализованы относительные загрузочные файлы ЕХЕ (известные также как файлы MZ). Были реализованы загружаемые драйверы внешних устройств. Динамическая загрузка и выгрузка драйверов не поддерживалась, но, по крайней мере, изменение номенклатуры драйверов теперь не требовало перегенерации системы. Список загружаемых драйверов задавался текстовым файлом C:\CONFIG.SYS. Позднее был даже реализован интерфейс для драйверов файловых систем.
Была разрешена загрузка нескольких программ в стековом порядке (впрочем, не допускалось их параллельного исполнения). Система приобрела многие черты, аналогичные примитивным версиям Unix — так, каждая загруженная программа в MS DOS снабжается дополнительным сегментом памяти, так называемым PSP (Program Segment Prefix — заголовок программного сегмента), который аналогичен User area (пользовательской области, сегменту данных ядра ОС, относящихся к конкретному процессу) в Unix. В некоторых документах сегментный адрес PSP даже называют pid (Process Identifier, по аналогии с идентификатором процесса в Unix). Как и в Unix, исполнение системного вызова сопровождалось переустановкой стека. В состав системы были включены:

• файловый API, очень похожий на интерфейс файловых системных вызовов в Unix;
• переменные среды;
• переназначение ввода-вывода;
• и даже конвейеры (последовательности задач, в которых поток стандартного вывода предыдущей задачи является потоком стандартного ввода следующей), реализуемые через промежуточный файл.

По одной из легенд, нежелание Microsoft реализовать в DOS вытесняющую многозадачность обусловлено не столько технической некомпетентностью, сколько соглашением с фирмой SCO — в соответствии с ним, передавая права на торговую марку Xenix, Microsoft обязалась не разрабатывать и не продавать функциональных эквивалентов UNIX. Такое соглашение существовало в действительности: через много лет, в 1997 г., SCO отсудила у Microsoft принадлежавшую последней долю своих акций и ряд других обязательств (упоминание Microsoft в списке держателей авторских прав, поддержку бинарной совместимости с Xenix/286) на том основании, что Microsoft рекламировала Windows NT как замену и даже "убийцу" UNIX и, таким образом, нарушала соглашение.
Со времен DOS 3.30 архитектура системы не подверглась сколько-нибудь заметным изменениям [Панкратов 2001]. Так, DOS 7, входящая в состав Windows 98/ME в качестве вторичного загрузчика, отличается от 3.30 только поддержкой файловой системы FAT32.
Digital Research не смотрела на это развитие безучастно. К концу 80-х система DR DOS, основанная на исходных текстах оригинальной СР/М, обеспечивала полную программную совместимость с MS DOS и включала в себя все новшества не только версии 3.30, но и более поздних версий.
Ряд полезных идей, впервые реализованных в DR DOS, такие, как загрузка в верхнюю память, условные операторы в CONFIG.SYS и упакованная файловая система, появились в MS DOS лишь на одну или две версии позже, а некоторые идеи — например, экранный редактор командной строки (возможность, знакомая пользователям командных процессоров DCL, bash и 4DOS/4OS2/4NT) и загрузка из расширенного раздела — не были реализованы в MS DOS и Windows 95/98/ME никогда.
Ближе к середине 90-х стало очевидно, что дни DOS как платформы сочтены (впрочем, мало кто ожидал в то время, что в той или иной форме эта платформа сможет прожить до самого конца столетия). В 1993 г. Digital Research вместе с авторскими правами на DR DOS была приобретена фирмой Novell. В 1995 г., вскоре после того, как собрание акционеров выгнало Р. Нурду с поста СЕО, авторские права на этот продукт были переданы созданной им компании Caldera. Несколько позднее Caldera опубликовала исходные тексты системы на условиях GPL под называнием Caldera OpenDOS [www.caldera.com]. С тех пор эта система широко используется в составе DOS-эмуляторов различных дистрибутивов Linux.